トランスバール暦413年、かつて「EDEN」文明を滅ぼした強大な敵、「ヴァル・ファスク」は
その矛先をトランスバール皇国に向け、侵攻を開始した。
皇国軍所属の「白き月」防衛部隊、「ムーンエンジェル隊」はヴァル・ファスクを退け、EDENを開放。
600年に及ぶ戦いの歴史に幕を閉じた……

　その戦いの中、人々は並行世界「NEUE」の存在を発見。新世界との交流が始まった。

　それから四年、NEUEにエンジェル隊の名を継ぐ新設部隊「ルーンエンジェル隊」が誕生した。
その一員として配属された青年、カズヤ・シラナミ。彼の合流と共に新たな戦いが幕を開ける……